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Il est traditionnel de faire remonter la naissance de la chimie organique en 1828 lorsque Friedrich Wöhler découvrit que l'on pouvait obtenir de l'urée, une molécule issue du monde animal à partir de cyanate d'ammonium, composé d'origine minérale. Déjà en 1766, Bergman et Scheele étaient parvenu à produire de l'acide oxalique par oxydation du sucre. Avant cette période, on considérait que le monde vivant se différenciait du monde minéral par une force propre d'essence divine : la force vitale.
Il y a donc quelque chose de commun entre le monde vivant et le monde inerte : cette découverte fut le début d'une nouveau règne : on pouvait désormais créer par synthèse des molécules du monde vivant. Entre autres applications, la chimie médicamenteuse allait se mettre en place. Elle fit ses premiers débuts avec les sulfamides, puis quelques années plus tard avec l'aspirine.
Après 150 ans d'activité dans le domaine de la chimie organique, l'art des chimistes est maintenant reconnu. Ils sont désormais capables de synthétiser presque n'importe quelle molécules, quelqu'en soit la complexité. Ces synthèses ont permis le développement de la chimie industrielle, des nouvelles technologies et des nouvelle thérapies.
C'est Berzélius qui s’est intéressé à l'analyse des matières animales à qui l'on doit la conception du terme de chimie organique.
C'est Berzélius qui s’est intéressé à l'analyse des matières animales à qui l'on doit la conception du terme de chimie organique. L'expression apparaît en 1808 dans le premier volume de son "Lärbok" où il reprend le terme déjà employé en 1806 dans ses leçons sur la chimie animale. L’"Organisk Kemi" de Berzélius consiste plus en une chimie biologique qui décrit la composition des êtres vivants et les processus chimiques de la vie que la chimie organique telle qu'on la conçoit aujourd'hui.
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