Représentation des atomes

Les atomes sont représentés dans une premier temps par une sphère rigide. Pour rendre compte de certaines propriétés de l'atome, cette sphère pourra être amenée à être déformable.

Pour identifier facilement la nature de l'atome (l'élément chimique qu'il représente), on choisit de les colorer. Il existe des couleurs (à peu près) normalisées, les normes dites CPK pour Corey-Pauling- Koltun :

hydrogène : blanc / gris pâle
carbone : noir / gris foncé
azote : bleu / bleu outremer
oxygène : rouge
chlore : vert
soufre : jaune