Le mécanisme d'une réaction montre comment les électrons, symbolisés par une
flèche se déplacent (emportant les atomes auxquels ils sont liés) pour apporter une
explication au déroulement de la réaction, c'est-à-dire aux liaisons qui se forment et
aux liaisons qui se rompent.
C'est principalement par des études cinétiques et par spectroscopie
que ces mécanismes ont pu et peuvent être établis.
L'animation ci-contre illustre un mécanisme réactionnel enzymatique.