Utilisation de l'extension Chime

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Pour utiliser cette extension de façon optimale :

1. Il est possible de zoomer la molécule ainsi que de la déplacer (rotation, translation).

Les rotations selon les axes du plan (x, y) se font simplement en se plaçant sur l'image en laissant enfoncé le bouton gauche de la souris puis en déplaçant la souris.

La rotation selon l'axe perpendiculaire au plan (z) se fait en appuyant sur Schift (é) et en déplacant la molécule en appuyant sur le bouton droit de la souris.

La translation selon les axes du plan (x, y) se fait en enfonçant la touche Contrôle (Crtl) et en déplacant la molécule en appuyant sur le bouton droit de la souris.

Le zoum (translation selon l'axe z) se fait en appuyant sur la touche Schift (é) et en déplacant la molécule en apputant sur le bouton gauche de la souris ; déplacement vers le haut : zoum arrière, déplacement vers le bas : zoum avant.

2. l'image de la molécule est non seulement interactive mais permet aussi de nombreuses analyses structurales.

Un clic droit sur la molécule fait apparaître la fenêtre ci-contre.

Un clic droit sur la molécule fait apparaître la fenêtre
ci-contre, cliquez sur la rubrique de votre choix

On peut avec l'option Sculpt Mode réaliser des études
de répulsion stérique et des études conformationnelles.

File - Fichier

Permet d'enregistrer (sauvegarder) le fichier de la molécule.

Edit - Edition

Permet de copier ou de transférer le fichier vers un éditeur de molécules.

2D Rendering - Structure en 2D

Transforme la molécule de la géométrie 3D animée à un structure de type Lewis 2D statique. Cette fonction illustre parfaitement les différents modes de représentation des molécules. A relier à Display.

Rotate - Rotation

Permet de mettre la molécule en rotation, ou d'arrêter sa rotation.

Display - Affichage

Permet de sélectionner le mode de représentation de la molécule (ou du cristal) Wireframe : fil de fer Sticks : bâtons Ball & Sticks : Modèle éclaté Spacefill - Van der Waals Radii : modèle compact en représentation des rayons de Van der Waals.

Options - Comme son nom l'indique

Permet de sélectionner toute un série de paramètres comme : Display... : afficher sélectivement certains atomes, certaines structures... Slab mode : mode en coupe verticale. Specular : affiche un éclat sur les atomes. Shadows : affiche les ombres. Stereo Dispaly : permet d'afficher et de comparer deux énantiomères d'une même molécule.

Color - Couleurs

Permet de choisir la couleur des atomes de la molécule : CPK : norme de coloration des atomes les autres rubriques concernes surtout la coloration des différentes chaines et sous-structures des proteines.

Select

Mouse Selection Mode - Change Color To - Modify Selection Mode - Atom - Predefined - Display List

Mouse Selection Mode - Sélection de la Souris

Permet de déterminer le mode de sélection de la souris.

Change Color To - Modification de la couleur

Permet de modifier la couleur de la partie sélectionnée.

Modify Selection Mode - Modification de la sélection

Modifie le mode de sélection.

Atom - Atomes

Permet de sélectionner certains types d'atomes dans des molécules complexes.

Predefined - Sélections prédéfinies

Permet de choisir des types prédéfinis. A titre d'exemple, on peut choisr dans une protéine toutes les molécules polaires (Polar) que l'on peut ensuite colorer en bleu par l'option Change Color to.

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Display List

Cette option très intéressante permet de colorer des surfaces selon au choix : un gradient électrosatqiue ou un gradient lipophilique. Cette option implique que la surface de la molécule aité été créée, ceci se faisant par l'option :

Select - Display List - Create Molecular Surface